همانطور که ذکر شد، به تدبیر خدای عالم، مهدی (علیه السلام) از چشمهای انسانیان به دور است؛ ولی در این عصر غیبت بر شیعیانش و بر نیکوکاران دیگر ادیان لطف بی‌حساب دارد. او به کرات به شیعیان و دیگر انسانها یاری رسانده است و در این عصر تا بحال صدها تن موفق به دیدارش شده‌اند. او دو غیبت دارد: اولی که مشهور به غیبت صغری است و دیگری که غیبت کبری نام دارد. غیبت صغری (حدود 69 سال) در قرن سوم هـ.ق. رخ داده است، که وی از طریق 4 نفر در این عصر با مردم ارتباط داشته است که این افراد به نواب خاص شهرت دارند، و بعد از مرگ آخرین آنها، موعود برای مدت نامعلومی از چشم‌ها پنهان می‌شود و این غیبت تاکنون همچنان ادامه دارد. مهدی (علیه السلام) در میان مردم می‌باشد و زمانی که او ظهور کند، خیلی‌ها گویند که او را بارها پیش از این دیده‌اند ولی او را نشناخته‌اند. عده‌ای منکر غیبت امام شدند و اصل وجودی او را زیر سئوال بردند ولی یک استدلال کوتاه برای سئوال آنها وجود دارد و آن اینکه: ندیدن چیزی باعث شک در وجود آن نیست و عقل سلیم، هیچ‌گاه نمی‌تواند وجود حقیقتی نامرئی، چون روح را تنها به دلیل ندیدن منکر شود.
فلسفه غیبت
تمام آنچه در اسلام بطور مسلم وجود دارد با عقل سلیم تطبیق می‌کند اما ممکن است در دین چیزهایی باشد که عقل در مورد آن ساکت باشد، ولی اگر با مسأله‌ای در شرع روبرو شدیم که عقل انسان و بینش محدود بشری نه قادر به اثبات آن باشد و نه بتواند آن را قطعاً رد کند، پس مجبور به پذیرش این حکم می‌شویم، زیرا که اولاً اصل تشریع بر پایه عقل استوار است و ثانیاً بینش انسان همواره محدود به زمان و مکان است و تنها ذات باری تعالی است که علمش را انتهایی نیست.
این مقدمه از آن جهت ذکر شد که با تعمیم این استدلال در مساله غیبت، می‌توان این ادعا را کرد که این امر و امور مشابه به حکمت خداوندی وابسته است که نزد بشر تمامی ابعادش روشن نیست، و دلایلی چند بر غیبت مترتب است که به اختصار در ذیل ذکر خواهد شد. ولی نباید از نکته اصلی که همان نامشخص بودن حکمت غیبت برای بشر عادی است غافل شویم.
بیم از کشته شدن منجی
همانطور که خداوند موسی (علیه السلام) را در کاخ فرعون پرورش داد، در حالیکه فرعون از اصل و نسب و آینده این کودک بی‌خبر بود، و او را حفظ کرد. اراده‌اش بر این قرار گرفت که منجی هم از دست طاغوت‌ها و ظالمین به دور باشد و ذخیره الهی در زمین پاسداری شود که اگر این گونه نبود، حتما مانند پدران بزرگوارش بدست جباران به شهادت می‌رسید.
به گردن نداشتن بیعت جباران
این روشن است که او نباید با هیچ ظالمی تعهد و بیعتی داشته باشد و نباید از کسی تمکین کند جز خدا، تا پیروزی نهایی واقع شود. ولی اگر مانند بعضی از اجدادش مجبور به تقیه باشد (تقیه = تظاهر به اطاعت از جبار برای حفظ جان و دین الهی) هیچ گاه به این مهم دست پیدا نخواهد کرد و برای اینکه هیچ تمکین و تسلیمی از فردی (جز خدا) نداشته باشد مجبور به غیبت است.
خالص گردانیدن مردم و امتحان الهی
یکی از سنتهای الهی امتحان بشر است و یکی از راه های امتحان، غیبت حجت الهی است که این باعث می‌شود افرادی که عقاید محکمتر و ایمان راسختری دارند از این امتحان سربلند بیرون بیایند و چون غیبت طولانی شود کسانی که ایمان راسخ ندارند گرفتار تردید گردند و از دین خدا باز گردند و ملاک خوبی برای افراد مدعی (مؤمنان و کافران) به وجود آید.